革兰氏染色法的意义就在于鉴别细菌，把众多的细菌分为两大类，革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。首先，细菌经初染剂结晶紫初染成蓝紫色，再加媒染剂与结晶紫结合成结晶紫-碘的复合物，从而增强了染料与细菌的结合力。革兰氏阳性细菌(G+)的细胞壁主要由肽聚糖形成的网状结构组成，壁厚、类脂含量低，用脱色剂脱色时细胞壁脱水、使肽聚糖层的网状结构孔径缩小，透性降低，从而使结晶紫-碘的复合物不易被洗脱而保留在细胞内，经脱色和复染后仍保留初染剂的蓝紫色。而革兰氏阴性菌(G-)细胞壁类脂含量多，肽聚糖层较薄且肽聚糖为平面片层结构，易被脱色剂溶解，使细胞壁通透性增高，结合的染料复合物容易泄漏，细菌被脱色为无色。再经复染液复染成红色。